Hệ thống phun xăng điện tử được tích hợp với cụm động cơ 4 kỳ 449 phân khối, hệ thống cam DOHC cùng 5 valve được làm mát bằng chất lỏng. Việc tích hợp hệ thống phun xăng được đánh giá mang tính đột phá và gia tăng sức mạnh cho WR450F. Các kỹ sư của Yamaha đã sử dụng những cảm biến thu nhỏ nhằm thu tín hiệu và điều khiển các vụ trí bướm ga, áp suất động cơ, nhiệt độ động cơ làm mát… Các dữ liệu này được chuyển đến IC điều khiển để tính toán khối lượng nhiên liệu tối ưu và chọn thời điểm đánh lửa thích hợp cho phù hợp.
Cụm khung xe là một trong những mục tiêu chính để điều chỉnh của các kỹ sư Yamaha. Nhỏ gọn và nhẹ hơn chính là kết quả của việc điều chỉnh về kết cấu khung và cải tiến vật liệu. Khung của WR450 ngắn hơn 25mm so với phiên bản năm 2011. Hệ thống giảm xóc cũng được điều chỉnh vị trí đầu bắt nối, vị trí lắp bình áp dầu nhằm tăng khả năng vận hành của giảm xóc sau cũng như giảm chiều dài thân xe. Bình xăng của WR450F có dung tích 7,2 lít, nhiều hơn 1 lít so với mẫu YZ450F.
Cùng với khung mỏng hơn, Yamaha cũng quyết định tân trang lại bộ vỏ nhựa nhằm tạo ra hình ảnh mới cho WR450F 2012. Cánh lùa gió tản nhiệt két nước được thiết kế tạo cảm giác nhẹ nhàng hơn. Hệ thống đèn LED mang lại tính hiện đại, gọn nhẹ và phong cách hơn. Chiều cao yên xe được điều chỉnh ở mức 960mm, thấp hơn 30mm so với phiên bản năm 2011. Ngoài ra cụm vành Excel chuyên nghiệp và kcụm tay lái Pro Taper được chính thức đưa vào options tiêu chuẩn.
Các mẫu xe WR450F 2012 đều được điều chỉnh lại hệ thống ống xả nhằm tăng khả năng tương thích với hệ thống phun xăng điện tử. Hệ số truyền động cũng có sự điều chỉnh với cụm nhông trước/sau có số răng 13/50. Ngoài ra chiếc xe còn có khả năng tích hợp bộ tăng công suất động cơ Tunner Power bằng phần mềm. Động cơ có thể cho phép điều chỉnh Map phun xăng tùy ý.
Một thiết bị nữa được đưa vào trong lần ra mắt WR450F này chính là việc trang bị thêm tụ điện bảo vệ cho ắc quy không bị shock điện khi hệ thống khởi động. Bởi với việc thay thế cuộn điện phát bằng loại mới có công suất phát điện cao hơn, hành trình đánh lửa 3 giai đoạn sẽ có khả năng gây ảnh hưởng rất lớn tới bình ắc quy và hệ thống phun xăng điện tử.